Ubuntu при загрузке устанавливает таймер BIOS в UTC 0 (Coordinated Universal Time - Координированное Универсальное Время). То-есть отнимает от текущего времени системы два часа (а именно такая разница во времени Украины от нулевого часового пояса) и устанавливает в BIOS это время. А Windows загрузившись воспринимает это время как локальное и показывает его как ни в чем не бывало.

Решение: Нужно открыть файл переменных настроек с помощью команды:

sudo gedit /etc/default/rcS

и изменить значение параметра UTC с yes на no.