Возьмем для примера модуль SOAP.

Узнаем где находятся наши конфиги:

cd /usr/local/directadmin/custombuild
./build used_configs

Редактируем наш php5 конфиг: (Пример)
vi /usr/local/directadmin/custombuild/custom/suphp/configure.php5

Добавлем: (Если в середину - то в конце добавляем "пробел\")
--enable-soap \

или 

 

--enable-soap (если в конец файла)

Сохраняем файл и пересобираем PHP:
./build php all