Проблема №0. Тут надо что-то делать. Хочу сразу настроенный Linux!!!
Думаю, у многих пользователей Windows сложился миф о том, что в любом Unix куча проблем с железом и софтом, потому нужно сидеть и обрабатывать напильником. На практике оказывается, что обработка напильником заключается в установке нужных пакетов и иногда смена настроек (в графическом приложении, кстати, не в консоли), хотя в большинстве случаев за тебя все делает автонастройка при установке.
Для примера вспомните, сколько возни с драйверами под Win. Дравера на карту ATI X1600 у меня правильно вставали раза с третьего при хорошем положении звезд. Звуковая карта вплоть до Win7 не определялась автоматически, сетевая до сих пор не определяется. Linux гораздо проще!

Проблема №1. Видеокарта Nvidia, не работает OpenGL

Решается все очень просто.
UPD. Главное меню->Администрирование->Диспетчер драйверов.

• Ставим приложение Nvidia 3D Drivers
• Выполняем в терминале sudo apt-get install nvidia-xconfig
• Выключаем X-сервер сочетанием Ctrl+Alt+Backspace. Осторожно: выключаем — значит выключаем!
• Выполняем в терминале nvidia-xconfig
• Все, можем использовать все эффекты compiz и cairo-dock!

Проблема №2. Вентиляторы очень сильно шумят, хотя под Windows такого не было.

Решение очень хорошо расписано здесь, только не пугайтесь объему статьи, все очень просто.
От себя добавлю, что на одном из компьютеров fancontrol и pwmconfig не подавали признаков жизни до перезапуска X-сервера.

Проблема №3. gedit открывает текстовые файлы в неправильной кодировке.

• Выполняем в терминале gconf-editor (запомните это приложение, оно полезное), идем в /apps/gedit-2/preferences/encodings.
• Двойной клик по ключу auto-detected, поднимаем на самый верх пункт CURRENT.
• Двойной клик по ключу shown-in-menu, поднимаем на самый верх пункты UTF-8 и WINDOWS-1251.

UPD: Оказывается, это уже было на Хабре тут. А тут можно почитать, как занять панельками максимум места в окне gedit.

Проблема №4. В файловом менеджере (Nautilus) не показываются скрытые файлы

Ctrl+H — показать/спрятать скрытые файлы.
Ctrl+T — открыть текущую папку в новой вкладке. Да-да, тут есть вкладки!
F9 — показать/спрятать боковую панель.
К сожалению, для перемещения по вкладкам Сtrl+Tab не работае, вместо этого Ctrl+PageUp/Ctrl+PageDown. Привыкайте, в GTK это стандарт.
UPD: Раньше сочетание Ctrl+T удаляло файлы в корзину. Как хорошо, что я этого не застал.

Проблема №5. Ужасные, ужасные шрифты!

На самом деле, единственный шрифт, который выглядел плохо в Mint — Courier New в Opera и Firefox, русские буквы были немного тоньше латиницы. Что ж, попробуем исправить.

• В терминале выполняем sudo apt-get install ttf-mscorefonts-installer. После перезапуска браузеров все нормальзуется.
• Если у вас на компьютере установлена Windows, то идем в ее папку, копируем все из Fonts, создаем в своей папке директорию .fonts, заходим в нее ~/.fonts и вставляем все файлы. Директория скрытая, нажмите Ctrl+H чтобы увидеть ее. Напоследок можем выполнить в консоли
  rm ~/.fonts/*.fon
  Это удалит все файлы с расширением fon.
  Точно таким же образом можно установить любые шрифты.

Проблема №6. Не могу найти нормальный FTP-клиент

Ищем внимательнее… Nautilus! Из-за использования Windows я привык, что стандартный файловый менеджер — отвратительный FTP-клиент. Тут же ситуация иная — просматривать, редактировать и откатывать файлы на FTP-сервере с помощью Nautilus+gedit гораздо проще, чем с помощью того же FileZilla. В принципе, существует модуль FTP Client для gedit, но в отличии от Nautilus он одновкладочный.

Ну, хватит о проблемах… Найденные мною за эту неделю

Плюсы Linux по сравнению с Windows 7

• Загрузка — секунд 12, выключение — полторы секунды!
• Быстрое завершение зависших приложений. Уже несколько раз убивал Firefox тяжелыми и долгими скриптами, так что xkill пригодился.
• Пользоваться несколькими рабочими столами намного удобнее.
• Установка и обновление программ — самый большой плюс.
• iPython. За два дня до этого написал о нем топик, но решил оставить его в черновиках, пока русского языка в нем не станет больше Питона.

Удачного перехода!